申请文部省奖学金主要有以下几种方式：通过日本驻外使（领）馆申请日本驻外使（领）馆在驻在国政府的密切配合下，首先对申请者进行书面材料审核、面试和必要的笔试。初选合格者由日本驻外使（领）馆向日本文部科学省推荐，然后文部科学省听取选考委员会的意见，在与接受学校协商的基础上，最后决定合格者。通过日本的大学申